《石器时代》的战斗采用回合制，玩家只需在画面上走动就会不时遇到敌人。当遭遇到敌人时，会切换成战斗画面，玩家或玩家所属的队伍会在战斗画面的右下方。

一、战斗流程

进入战斗画面后，处于等待指令的状态。在倒计时结束前由右上方的指令视窗选择指令，组队队伍的话，由各个玩家轮流下指令。如果宠物也参加战斗，则继续选择所携带宠物指令。

二、战斗指令（玩家）

攻击（上行左起第一项）：直接攻击敌人。选择攻击键后，再点击要攻击的对象。

咒术（上行左起第二项）：使用装备上所附带的精灵魔法。

捕获（上行左起第三项）：尝试捕获怪物，但不一定能成功。当所拥有的宠物数量达到上限时，就不能再捕获了。

防御（上行左起第四项）：对敌人的攻击加以防御，能减少所受到的伤害。

道具（上行左起第五项）：使用战斗内可使用的道具。

脱离（下行左起第一项）：从战斗画面中退出，也就是逃跑。在组队的情形下由战斗退出即表示脱离这个队伍，如果是队长退出战斗的话，表示解散这个队伍。(部分战斗中无法脱离）

宠物（下部左起第二项）：指示目前拥有的宠物的行动状态，如参战、退避等，战斗时，能接受该指令的只有背包中处于待机状态的宠物。

自动（下行左起第三项）：开启后会根据玩家设定好的行动方式进行自动战斗(如下图所示)

三、战斗指令（宠物）

由技能表单中选择，这里你可以选择出战宠物进行攻击，防御或使用技能等指令决定后，选择攻击对象。

四、战斗失败

《石器时代》中没有死亡的设定，在单人战斗中如果HP降到0，则进入气绝状态，系统会判定战斗失败，回到场景画面时HP会自动恢复为1（若玩家拥有HP储备，则消耗储备HP自动恢复）；如果在组队战斗中，某一玩家因HP降至0而气绝时，只要同队队友还没退出战斗或没有气绝，那么战斗将持续到某一方全军覆没为止。如果敌人攻击所造成的伤害远高于你现有的HP时，会出现旋转飞出画面的现象（俗称击飞），则会直接脱离队伍在纪录点出现。（部分特殊组队战斗中被击飞不会脱离队伍）